Episodio 3
Nuevas Instrucciones

El capítulo comienza con una toma del ojo de Locke, y luego uno de la selva. Ve a Desmond corriendo desnudo entre los árboles, trata de llamarlo, pero no le sale la voz. Un momento después cae el bastón de Eko muy cerca de su cabeza. Locke se levanta y regresa a la playa, al campamento. Locke se comunica con Charlie mediante lápiz y papel. Construye una pequeña tienda (Sweat lodge) y, mientras Charlie vigila afuera, consume un alucinógeno que ha preparado, lo que le provoca una visión. En esta visión Boone conduce a Locke, que está limitado en la silla de ruedas, por el aeropuerto, diciendo que alguien ahí necesita su ayuda. Charlie y Claire llevan a Aaron, y Boone dice que ellos están "bien, por un tiempo". Luego ve a Jin y Sun discutiendo, y dice que Sayid puede manejarlo. Hurley está tras el mostrador de la agencia de pasajes, ingresando los números en un computador. Kate y Sawyer están bromeando mientras esperan en fila, en tanto Jack está siendo rastreado por un buscador de metales en manos de Ben Linus. Boone dice sobre ellos que Locke "no puede ayudarles, no por ahora".

En la visión Desmond es el piloto, y tres atractivas azafatas caminas detrás de él. Boone dice que él "está ayudándose a sí mismo". En un momento Locke queda solo, y ve a Boone llamándole desde lo alto de unas escaleras mecánicas. Locke sube y encuentra el bastón del Sr. Eko lleno de sangre. En este momento, Locke llega a la conclusión de que debe salvar la vida de Eko.

Locke y Charlie van en busca de Eko y notan que la escotilla ha implosionado. Locke, Eko y Desmond, sin embargo, aparentemente fueron arrojados fuera de ella. Siguen buscando a Eko y encuentran un jabalí recién muerto por un oso polar. Entonces se encuentran con Hurley que viene del enfrentamiento con los Otros. Ellos le advierten del oso polar, y le dicen que vaya a la playa a entregar a los supervivientes el mensaje de los Otros. Locke y Charlie descubren que Eko fue arrastrado por el oso hacia una caverna (Uno de los esqueletos en la cueva del oso polar tiene una polera de "La Perla"). Locke rescata a Eko asustando al animal con un lanzallamas improvisado, y junto con Charlie lo llevan de vuelta a la playa.

Mientras Hurley camina hacia a la playa se encuentra con Desmond desnudo. Hurley le da una polera estampada que llevaba en la mochila para que se cubra, y ambos se encaminan a la playa. Misteriosamente, Desmond menciona un discurso de Locke que todavía no ha dicho.

El episodio termina con Locke dando su discurso, diciéndole a Claire, Paulo y Nikki que irá a buscar a Jack, Kate y Sawyer. Hurley se da cuenta de que Desmond es capaz de ver el futuro.

El retroceso del episodio se trata del tiempo en que Locke vivió y trabajó en una comunidad rural. Durante una tormenta Locke recoge a Eddie, un tipo que buscaba trabajo, y lo lleva a la comunidad, y trata de integralo a ella. Locke se siente conectado a la comunidad por el sentido de familia y fe que en ella se siente, algo que Locke necesita desesperadamente. Eddie rápidamente se gana su confianza, y Locke está a punto de contarle qué hay en el misterioso invernadero. Sin embargo, antes de revelarle el secreto, los líderes de la comunidad descubren que Eddie es, en realidad, un policía encubierto. Eddie ha visto cómo grandes cantidades de fertilizante son bajados de camiones e introducidos en el invernadero. Él cree que planean usarlo para constuir una bomba (como si la comunidad fuera una especia de milicia), pero en realidad el invernadero es un cultivo de marihuana. Los líderes piensan que Eddie está a punto de dar aviso de esta situación. Locke, por miedo a perder a su nueva familia, lleva a Eddie de cacería, con la idea de matarlo y así "arreglar su asunto", un problema con el que Locke se debate en la isla. Al final, John no puede presionar el gatillo, y Eddie se aleja diciendole "Tu no eres un asesino".